Die Geschichte Altenbergens ist eng verknüpft mit der Geschichte der Johanniskirche. Der Legende nach soll es sich im Zuge der Johanniskirchen - Gründung im 8. Jh. angesiedelt haben. Über die tatsächliche Entstehung des Dorfes kann jedoch keine klare Aussage getroffen werden.
Als Ludwig mit dem Barte, der Stammvater der Thüringer Landgrafen, um 1039 nach Thüringen kam, existierte Altenbergen bereits. In der Johanniskirche, die er zuvor erweitert haben soll, ließ er seinen Sohn (Ludwig der Springer) taufen. Zuerst Erzbischof Bardo von Mainz (um 1039) und ca. 100 Jahre danach Erzbischof Marcolf von Mainz bestätigten dieser Kirche ihr Zuständigkeitsgebiet und sicherten ihr Abgaben aus den dazugehörigen Dörfern zu. Die von Erzbischof Marcolf am 1. September 1141 unterzeichnete Urkunde existiert noch. Sie ist die Ersterwähnungsurkunde von Altenbergen, nach der im Sommer 1991 eine große 850 - Jahr - Feier begangen wurde.
Blick auf Altenbergen vom Ziegelberg, 1898
Als Pfarreisitz für die Dörfer der Region wurde Altenbergen in seiner Entwicklung stark durch die Kirche geprägt. So zum Beispiel besaß Altenbergen frühzeitig eine Schule, denn der Aufbau des Schulwesens ging von der Kirche aus. Diese Schule besuchten die Kinder des gesamten Kirchspiels, bis durch die Reformen Ernst des Frommen (ab 1640) jedes Dorf eigene Schulen einrichtete. Um 1750 wurde im Altenberger Oberdorf eine neue Schule gebaut und als auch sie für die wachsende Bevölkerungszahl zu klein war, errichtete die Gemeinde Altenbergen zwischen 1869 und 1871 das Schulgebäude, welches heute das Johannisbergmuseum beherbergt. Die Dorfmitte bildeten über einige Jahrhunderte das Pfarrhaus, welches 1964 abgebrannt wurde, die Gemeindeschenke mit dem Brauhaus und die Schule. Mit dem gesellschaftlichen Aufschwung des 19. Jh. kam die Gemeindeschenke in Privathand und es wurden 2 weitere Gaststätten gebaut.
Altenberger Mart, um 1900
In Altenbergen herrschte in der Vergangenheit, ebenso wie in Catterfeld, große Armut. Beide Dörfer lagen weder an einem Fluss, noch an einer anderen Wasserader, die die Kraft gehabt hätte, Mühlräder in Gang zu setzen. Folglich war die Wasserversorgung katastrophal und es konnten sich keine größeren Wirtschaftsunternehmen mit guten Verdienstmöglichkeiten ansiedeln, wie etwa Getreidemühlen, Sägewerke oder Hüttenwerke. Die Haupterwerbsquelle bildete der Wald. Viele Familienväter verdingten sich im Holz verarbeitenden Handwerk oder arbeiteten als "Holzhauer" im nahen herrschaftlichen Wald. Die Landwirtschaft warf nicht genügend ab und diente nur als Zusatzversorgung.
Als sich im 19. Jahrhundert von Waltershausen ausgehend die Puppenindustrie entwickelte, fanden sich besonders in Altenbergen und Catterfeld billige Arbeitskräfte, die als Heimarbeiter für die Fabrikanten Puppenteile "kleisterten", Köpfe und Beine schnitzten oder Puppenkleidung nähten. Mit der Gründung der "Büstenfabrik August Scharff" 1908 entstand in Altenbergen ein weiterer Wirtschaftszweig, die Schaufensterfiguren - Produktion. Auch der Fremdenverkehr etablierte sich auf Grund der landschaftlich reizvollen Lage des Ortes allmählich. Besonders zu DDR - Zeiten, als Altenbergen ein Ortsteil von Catterfeld war, gewann er mehr und mehr an Bedeutung. Die höchsten Urlauberzahlen konnten seit der Inbetriebnahme des Ferienheimes des "VEB Lufttechnik Gotha" (heute Kloster St. Gabriel) 1975 geschrieben werden. Nach der Deutschen Einheit 1990 ging der Tourismus jedoch nahezu ein.
Bedingt durch die Gebietsreform trat Altenbergen 1993 zusammen mit Catterfeld, Engelsbach, Schönau v. d. Walde, Wipperoda, Gospiteroda und Leina der Verwaltungsgemeinschaft Leinatal bei, die 1996 in die jetzige Gemeinde Leinatal umgewandelt wurde.